Ya retirado de la práctica profesional, Arnau estuvo cuatro años ocupando la dirección adjunta de La Academia junto al coordinador, Manel Casanova. En diciembre de 2015, fue elegido por el Club para encabezar una dirección deportiva que ha ostentado en este período próximo a los dos años.
El Málaga CF quiere agradecer a Francesc Arnau su labor realizada todos estos años en la Entidad.